19世纪初，随着微生物学的发展，一些学者注意到从成批病死的鼠尸中分离到的致病菌不能感染人，但能使鼠感染甚至扩大流行，已达到消灭害鼠的目的，于是“微生物控鼠”应运而生。所谓微生物控鼠就是把自然界中一些对鼠类有选择致病性的病原微生物经实验室培养之后，以毒饵的形式投放到鼠类种群中，通过鼠类的活动或其他媒介在鼠类之间传播，使鼠发病死亡，以降低鼠类种群密度的方法。在选择微生物时，如其可借媒介传播，尤其是飞翔媒介，则传播范围更广，速度更快，灭鼠也更经济、高效。
微生物灭鼠法提出后很快引起各国防鼠工作者的兴趣，到19世纪90年代，法、德、俄等国科学家都先后从鼠尸中分离出致病力较强、能在鼠群中传播的沙门菌属,这些菌经选育、纯化和鉴定后又被试用于现场灭鼠试验，均收到了预期的效果。
1892 年，德国人Loffler培养了鼠伤寒病菌,用于防治田鼠;随后，丹麦科学家研制了专门的沙门氏菌类灭鼠剂并投放市场。21世纪60年代以后至21世纪初，有的国家使用依萨钦科氏菌加0.025%的杀鼠灵进行灭鼠，据称取得了较好的效果。澳大利亚采用黏液肿瘤病毒防治野兔也取得很好的效果。总的来看，国外对微生物药剂灭鼠的应用较为广泛，制剂有液状、固体状、颗粒状等剂型，其中颗粒状应用较多;近年来，又出现了将微生物制剂与化学药剂进行混配以形成复方型混合毒饵的方法，毒效大大提高。
同其他灭鼠方法相比，病原微生物灭鼠的优点很明显:
病原微生物引起鼠类发病和致死的过程不是突然的，所以不易引起鼠类对毒饵的防御性反射，即使在强烈发病的情况下，也不会产生拒食现象
菌饵投放后不仅能在投菌区造成鼠间严重的流行病，而且可以向周围非投菌区扩散蔓延，造成鼠类区域性的死亡，灭杀力较强
用于灭鼠的病原微生物专一性强，且对鼠致病性强能引起体主要器官(肝、脾、将)及肠道组织出血、坏死，成为不可逆的破坏
可应用范用广，牧场、农田、森林、住宅、温室、仓库、果园等均可应用，同时不会造成环境污染
微生物繁殖快，制剂的制备方法简单，培养基来源广，适于成批生产，有的制剂可以保存较长时间(一般长达6个月)，便于远距离运输
根据致病微生物的特点，微生物灭鼠比较适于鼠类高密度地区以及人稀地广的草原、森林，或用于灭鼠区边缘的保护带。在微生物控鼠的应用过程中，致病微生物的选择是需要解决的关键问题，主要需要考虑以下几个方面:
要求对人畜无害，在使用的过程中不发生变异而出现对人畜致病的变种；同时对鼠的毒力要强而稳定，不出现弱毒株，*好对多种鼠均有致病力。
要求出现免疫个体的机会低，免疫维持时间短，同时不与其他微生物产交叉免疫。
所传疾病必须容易传播，能够使老鼠互相传染进而引起较大范围的流行。所以每种用于灭鼠的微生物的确定都需要预先进行大量的试验与比对。
常用的灭鼠微生物多数都是在鼠类发生动物流行病时，从鼠体中分离得到并经实验室选育鉴定所得的。据统计，目前微生物灭鼠中使用*多的仍是沙门菌属中的细菌，其次是某些病毒。
一般说来， 这些微生物的致病性均有很强的特异性，一般只对几种鼠致病力强，而且各个菌株能够致病的动物常不相同。所以只要选育的微生物合适，整个过程按规程操作，对非靶标动物还是比较安全的。
下面介绍几种使用较多的菌株:
从黄鼠尸体上分离，对小家鼠、田鼠和小黄鼠有致病力。本菌近于球形，在肉汤中生长较好，长约0.8~1.5μm。
由褐家鼠中分离，致病范围较广，对小家鼠、大林姬鼠、普通田鼠、社会田鼠、草原旅鼠、仓鼠、小黄鼠、沙鼠和各种大型家鼠均有致病力。
苏联科学家从伊萨琴柯氏菌中选育出来的新株，长1.515μm, 宽0.5~0.8μm。对褐家鼠、黑家鼠、水鼠䶄、普通田鼠、社会田鼠、小家鼠和小黄鼠均有致病力，使用较多。
以上几种微生物的生理生化特征，在一般实验室即可鉴别。
这些细菌的培养物大致可分为三类：一类是液体培养物，可用的培养基比较多，如蛋白胨肉汤培养基、面包酵母培养基、啤酒酵母培养基、牛乳培养基和豌豆培养基等；另一类是浓缩的颗粒培养物，用谷物颗粒、纤维蛋白或骨屑等培养；还有一类是干培养物，即将颗粒培养物进行干燥处理，这类培养物可较长期地保存。
在上述三类培养物中，液体培养物不能直接使用，须和适当的诱饵混合，制成菌饵再用；其他两种可直接使用。
